Secara historis, keberadaan Pengadilan Agama Tanjung tidak dapat dipisahkan dari perkembangan Peradilan Agama di Kalimantan Selatan yang berakar pada sistem pemerintahan Kesultanan Banjar. Sejak Islam ditetapkan sebagai agama resmi kerajaan pada masa Sultan Suriansyah pada abad ke-16, hukum Islam mulai diterapkan dalam kehidupan masyarakat, khususnya dalam bidang perkawinan, perceraian, kewarisan, hibah, wakaf, wasiat, dan berbagai persoalan keperdataan Islam lainnya. Dalam perkembangannya, pelaksanaan hukum Islam tersebut dijalankan oleh para ulama dan qadhi yang diangkat oleh Sultan sebagai pejabat yang berwenang menyelesaikan perkara-perkara keagamaan.
Perkembangan Peradilan Agama di Kesultanan Banjar mencapai bentuk kelembagaan yang lebih teratur pada masa pemerintahan Sultan Tahmidullah II dengan dukungan pemikiran ulama besar Banjar, Syekh Muhammad Arsyad al-Banjari (1710–1812 M). Setelah menuntut ilmu selama lebih dari tiga puluh tahun di Haramain, Syekh Muhammad Arsyad al-Banjari kembali ke Banjar dan berperan besar dalam pembinaan kehidupan keagamaan, penyusunan sistem peradilan Islam, serta penguatan kedudukan qadhi sebagai pejabat yang menjalankan fungsi kehakiman. Melalui karya monumentalnya, Sabilal Muhtadin, beliau memberikan landasan fikih yang menjadi pedoman dalam penyelesaian perkara-perkara hukum Islam di lingkungan Kesultanan Banjar.
Memasuki masa pemerintahan Hindia Belanda, keberadaan lembaga Peradilan Agama tetap dipertahankan karena telah mengakar kuat dalam kehidupan masyarakat Banjar. Pemerintah kolonial kemudian melakukan penataan terhadap kelembagaan tersebut melalui Staatsblad Tahun 1937 Nomor 638 dan 639, yang mengatur penyelenggaraan Kerapatan Qadhi sebagai lembaga peradilan bagi masyarakat yang beragama Islam di Kalimantan Selatan. Berdasarkan ketentuan tersebut, Kerapatan Qadhi dibentuk di beberapa wilayah, yaitu Banjarmasin, Marabahan, Martapura, Pelaihari, Rantau, Kandangan, Negara, Barabai, Amuntai, dan Tanjung. Lembaga ini berwenang memeriksa dan memutus perkara-perkara di bidang perkawinan, perceraian, rujuk, kewarisan, wakaf, hibah, dan perkara keperdataan Islam lainnya.
Di wilayah Tanjung, Kerapatan Qadhi menjadi cikal bakal berdirinya Pengadilan Agama Tanjung. Berdasarkan catatan sejarah lokal, Kerapatan Qadhi Tanjung mulai menjalankan pelayanan kepada masyarakat sekitar tahun 1950 dan dipimpin oleh seorang qadhi bernama H. Ramdi. Lembaga ini menjadi tempat masyarakat memperoleh penyelesaian perkara-perkara keperdataan Islam sesuai dengan ketentuan syariat yang berlaku pada saat itu.
Setelah Indonesia merdeka, pemerintah melakukan penataan terhadap kelembagaan Peradilan Agama di seluruh Indonesia. Bagi daerah di luar Pulau Jawa dan Madura, landasan hukumnya ditetapkan melalui Peraturan Pemerintah Nomor 45 Tahun 1957 tentang Pembentukan Pengadilan Agama/Mahkamah Syariah di Luar Jawa dan Madura. Peraturan ini mempertegas kedudukan Peradilan Agama sebagai bagian dari sistem peradilan nasional, meskipun di Kalimantan Selatan nomenklatur Kerapatan Qadhi untuk peradilan tingkat pertama dan Kerapatan Qadhi Besar untuk peradilan tingkat banding masih tetap digunakan.
Penyeragaman nomenklatur secara nasional dilakukan setelah diterbitkannya Keputusan Menteri Agama Nomor 76 Tahun 1980 tentang Penyeragaman Nama Peradilan Agama, yang menetapkan penggunaan nama Pengadilan Agama untuk peradilan tingkat pertama dan Pengadilan Tinggi Agama untuk peradilan tingkat banding di seluruh Indonesia. Sejalan dengan kebijakan tersebut, Kerapatan Qadhi Tanjung resmi berubah menjadi Pengadilan Agama Tanjung, dengan Drs. H. Ideris tercatat sebagai Ketua Pengadilan Agama Tanjung yang pertama setelah perubahan nomenklatur kelembagaan.
Tonggak penting berikutnya dalam sejarah Pengadilan Agama Tanjung adalah penerapan sistem Satu Atap (One Roof System) dalam penyelenggaraan kekuasaan kehakiman. Berdasarkan Undang-Undang Nomor 4 Tahun 2004 tentang Kekuasaan Kehakiman serta Keputusan Presiden Nomor 21 Tahun 2004, organisasi, administrasi, dan finansial Peradilan Agama yang sebelumnya berada di bawah Departemen Agama dialihkan ke Mahkamah Agung Republik Indonesia. Sejak tanggal 30 Juni 2004, seluruh badan peradilan, termasuk Pengadilan Agama Tanjung, secara resmi berada di bawah pembinaan Mahkamah Agung Republik Indonesia sebagai pelaksana kekuasaan kehakiman yang mandiri.
Dalam mendukung penyelenggaraan pelayanan kepada masyarakat pencari keadilan, Pengadilan Agama Tanjung pada awalnya menempati gedung kantor seluas kurang lebih 300 m² yang berdiri di atas tanah hibah Pemerintah Kabupaten Tabalong seluas 4.977 m². Pembangunan gedung tersebut memperoleh izin pada tanggal 30 Januari 2006. Meskipun bangunan kantor saat itu belum sepenuhnya memenuhi standar prototipe gedung pengadilan yang ditetapkan Mahkamah Agung Republik Indonesia, Pengadilan Agama Tanjung senantiasa berkomitmen memberikan pelayanan peradilan yang profesional, sederhana, cepat, dan berbiaya ringan kepada masyarakat.
Seiring meningkatnya kebutuhan pelayanan publik serta modernisasi sarana dan prasarana peradilan, Mahkamah Agung Republik Indonesia membangun gedung kantor baru Pengadilan Agama Tanjung yang telah memenuhi standar prototipe gedung pengadilan. Gedung baru tersebut mulai diresmikan dan digunakan untuk pelayanan kepada masyarakat pada 10 Juli 2025. Dengan fasilitas yang lebih representatif serta didukung pemanfaatan teknologi informasi dalam penyelenggaraan peradilan, Pengadilan Agama Tanjung terus berupaya mewujudkan badan peradilan yang agung melalui pelayanan yang profesional, transparan, akuntabel, berintegritas, dan berorientasi pada kebutuhan masyarakat pencari keadilan.
Hingga saat ini, Pengadilan Agama Tanjung terus berkembang sebagai salah satu peradilan tingkat pertama di lingkungan Peradilan Agama di bawah Mahkamah Agung Republik Indonesia. Sejak bulan Mei 2026, Pengadilan Agama Tanjung dipimpin oleh Noor Faiz, S.H.I., M.H., yang melanjutkan estafet kepemimpinan dalam mewujudkan lembaga peradilan yang modern, terpercaya, serta mampu memberikan pelayanan hukum yang berkeadilan bagi masyarakat Kabupaten Tabalong dan sekitarnya.
